Este é um assunto levado a sério na Usina Santa Isabel, que se destaca por dispor de um tratamento próprio de efluentes industriais, baseado em tecnologia de lodos ativados. Este sistema apresenta eficiência de remoção da carga orgânica maior ou igual a 95%. A capacidade de tratamento desse sistema equivale ao tratamento dos esgotos domésticos de uma cidade com cerca de 50.000 habitante, portanto maior que a população do município de Novo Horizonte, que é de 33.741 habitantes. (SEADE, 2005). Outro aspecto a ser observado é o aproveitamento que a Usina faz da água contida na cana, cuja representa cerca de 74% de sua massa, reduzindo sobremaneira a necessidades de utilização dos rios.